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Esta época, em que o FC Penafiel foi o 14º classificado, seria a ultima temporada de Amaral no principal escalão do futebol português. Na sua carreira e até ao final seguiram-se passagens por clubes que militavam nas divisões secundárias.
Em 1989/90 foi representar o Varzim SC na Zona Norte da 2ª Divisão Nacional, onde Amaral foi titularíssimo e ajudou a equipa poveira a conseguir um lugar entre os clubes que iriam disputar a recém-criada 2ª Divisão de Honra.
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Já na temporada de 1990/91 foi representar o RD Águeda na 2ª Divisão de Honra. Actuando em 22 jogos da competição, Amaral não foi indiscutível numa equipa que, classificando-se no último lugar da prova, seria relegada à 2ª Divisão Nacional “B”.
Finalmente, na época de 1991/92 ingressou no Louletano DC onde iria cumprir as duas ultimas temporadas como jogador profissional de futebol. Em nenhuma daquelas épocas o veterano Amaral foi considerado titular, embora a ultima temporada de 1992/93 tenha sido bem melhor que a primeira.
De qualquer forma, da sua passagem pelo Louletano DC, regista-se que em ambas as temporadas o clube algarvio conseguiu garantir a manutenção do segundo escalão do futebol português.
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(Plantel do Louletano DC na temporada de 1992/93)
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(Equipa do Louletano DC na época de 1992/93)
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Com 38 anos de idade, Amaral colocou um ponto final na sua carreira de futebolista. Pouco tempo depois abraçou a função de treinador de futebol, primeiro como adjunto de Eurico Miranda no FC Tirsense e mais tarde como técnico principal.
A sua primeira experiencia como treinador principal aconteceu no FC Vizela, na época de 1995/96, disputando a 2ª Divisão Nacional “B”, clube onde permaneceu durante duas temporadas alcançando classificações meritórias.
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(Plantel do FC Tirsense na época de 1993/94)
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No início da época de 1997/98 assume a formação do FC Penafiel na 2ª Divisão de Honra. Todavia, depois de uma boa primeira volta a equipa cai de produção e Jorge Amaral é substituído por José Alberto Torres.
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(Plantel do FC Penafiel na época de 1997/98)
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(Jorge Amaral na época de 1997/98 no FC Penafiel)
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A temporada seguinte começa liderando a formação do FC Maia também na 2ª Divisão de Honra, porem, novamente, sem grande sucesso, acaba demitido. Na mesma época assume, efemeramente, o comando técnico do CD Feirense, também sem grandes resultados.
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(Plantel do FC Maia na época de 1998/99)
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(Jorge Amaral treinador do FC Maia na época de 1998/99)
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Em 1999/00 treina o Clube Oriental de Lisboa na 2ª Divisão Nacional “B” e a meio da temporada vai comandar o USC Paredes que acaba por sagrar-se campeão nacional da 3ª Divisão.
(Jorge Amaral treinador do Clube Oriental de Lisboa)
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Ainda inicia a época de 2000/01 no USC Paredes na 2ª Divisão Nacional “B”, mas acaba por sair, assumindo na mesma temporada os destinos dos SC Vila Real, acabando, novamente, campeão nacional na 3ª Divisão.
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(Plantel do SC Vila Real na temporada de 2000/01)
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Sem grande sucesso, durante a temporada de 2001/02 treinou o GD Bragança, na 2ª Divisão Nacional “B” e, posteriormente, o FC Penafiel na 2ª Liga Nacional, onde conseguiu alcançar a manutenção depois de substituir no cargo Manuel Correia.
Liderou a equipa penafidelense ao longo de toda a época de 2002/03 na 2ª Liga Nacional onde alcançou um meritório 10º lugar na tabela classificativa. Já na temporada de 2003/04 teve uma passagem pelo Vitoria SC, quando integrou a equipa técnica liderada por Jorge Jesus.
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(Homenagem do FC Porto aos campeões europeus de 1987)
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Na época de 2004/05 teve uma passagem pelo GD Chaves, enquanto na temporada seguinte treinou a formação da AD Lousada na 2ª Divisão Nacional “B”. No mesmo escalão comandou o FC Maia na época de 2006/07 depois de uma passagem pelo South China, um clube da Republica Popular da China, na sua única experiencia no estrangeiro.
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(Jorge Amaral treinando o South China)
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Em 2007/08, Jorge Amaral voltou a treinar a AD Lousada, enquanto no decurso da temporada de 2008/09 foi o treinador do Amarante FC, na 2ª Divisão Nacional “B”, entre, sensivelmente, Janeiro e Março de 2009.
Actualmente, Jorge Amaral, com 54 anos de idade, é um treinador de futebol que está sem clube. Alem de treinador é usual surgir como comentador desportivo em programas de televisão e rádio.