A partir da época de 1947/48 o Campeonato Nacional da 1ª Divisão disputa-se nos moldes que conhecemos actualmente com a prova a ser realizada no sistema de acesso e descidas mediante a classificação obtida e não já fruto de vitórias alcançadas em campeonatos distritais.

Na temporada de 1947/48 chega a Guimarães um novo treinador que vem substituir Artur Baeta. Alfredo Valadas é o escolhido para comandar os destinos da equipa do Vitoria, permanecendo nesse cargo em Guimarães durante 2 temporadas.

A principal aquisição para esta época é Francisco Costa, natural de Fão, no concelho de Esposende, contratado pelo Vitoria ao Gil Vicente FC. É um jogador que actuava na zona defensiva da equipa formando com Virgílio e Silveira, um dos melhores trios defensivos da história do Vitoria. Francisco Costa representou o Vitoria durante 10 épocas consecutivas, entre 1947/48 e 1955/56, onde foi sempre titular.

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No Campeonato Nacional da 1ª Divisão desta época o Vitoria classificou-se na 7ª posição, precisamente a meio da tabela de um campeonato disputado por 14 clubes. O Vitoria realizou uma prova extremamente tranquila, garantindo a permanência no escalão – que era o primordial objectivo – com muita facilidade.

Nesta temporada destaque para o empate caseiro frente ao SL Benfica a 2-2 e a vitoria sobre o GD Estoril Praia por 2-1, que nesta época tinha uma excelente equipa, cujo o 4º lugar no final da prova é reflexo. Em Guimarães, o Vitoria apenas perdeu com Sporting CP, CF Belenenses e FC Porto, de resto, apenas contabilizou vitoria, à excepção do empate frente ao SL Benfica acima mencionado. Destaque ainda para a goleada de 7-1 infligida ao Elvas CAD.

Fora da cidade berço a equipa do Vitoria já se revelou bem mais frágil apenas conquistando um triunfo em Vila Real de Santo António frente ao Lusitano por 0-1. Nos outros encontros só derrotas, com a ressalva dos empates conseguidos no Porto, frente ao Boavista FC por 2-2, em Setúbal, frente ao Vitoria por 1-1, e em Coimbra, frente à Académica por 2-2.

Na Taça de Portugal o Vitoria foi logo eliminado na 1ª ronda, perdendo em Lisboa frente ao Sporting CP por 5-1, que de resto, viria a conquistar o troféu fazendo assim a dobradinha juntamente com o título de campeão nacional.

Nesta temporada despediu da carreira de futebolista um jogador que ficou famoso na historia do Vitoria, o defesa João, mais conhecido por João Bom, jogador que conquistou vários Campeonatos Distritais da A.F. Braga e do Minho, mas que acima de tudo mantêm forte ligação ao passado do clube por ter pertencido às equipas que garantiram pela primeira vez o acesso à 1ª Divisão Nacional e participaram na final da Taça de Portugal de 1941/42.
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(João Bom, o defesa do Vitoria numa jogada acrobática)
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Na temporada de 1948/49 o Vitoria perde um jogador importante que é Alcino, que se transfere para o CF Belenenses, mas contrata Custodio, um avançado de excelente qualidade que juntamente com Franklim espalhariam o terror nas defesas contrárias.

No Campeonato Nacional da 1ª Divisão, a equipa do Vitoria, que continuava a ser tecnicamente liderada por Alfredo Valadas, conquistou um brilhante 6º lugar, a melhor classificação de sempre até aquela altura.

Acima do Vitoria apenas se classificaram o Sporting CP, que foi o campeão, o SL Benfica, o CF Belenenses, o FC Porto, e o GD Estoril – Praia. A esta equipa da linha o Vitoria derrotou logo na 1ª jornada por 4-1, em jogo disputado no Campo da Amorosa, com Custodio a apontar 3 golos. Contra aquelas equipas do topo da tabela o Vitoria, em Guimarães, apenas perdeu com o Sporting CP por 1-3, empatou 3-3 com o SL Benfica, e venceu ambos por 2-1 os jogos frente ao CF Belenenses e FC Porto.

Nos jogos disputados na condição de visitado é que os resultados não eram tão brilhantes o que reflecte bem as dificuldades que naquela altura se colocavam a quem jogava fora do seu reduto. O Vitoria apenas venceu um encontro por 1-2 frente ao Atlético CP. Nos outros encontros só somou derrotas ao seu pecúlio na prova, à excepção dos empates por 1-1 frente ao SC Braga e frente ao Boavista FC.

Destaque ainda para Franklim, avançado do Vitoria, que foi nesta temporada o melhor marcador da 1ª Divisão de clubes nortenhos, sendo que, por via disso, foi alvo de uma justa homenagem pelos jornalistas desportivos da região.

Na Taça de Portugal nesta época o Vitoria caiu na 2ª ronda, derrotado no Campo da Amorosa pelo FC Porto por 1-4, depois de na 1º eliminatória ter eliminado a equipa do GD Estoril – Praia por 3-2.

A principal equipa do Vitoria nesta época era composta por: Machado; Ferreira e Francisco Costa; Jorge, Curado e Joaquim Teixeira; Brioso, Miguel, Teixeira da Silva, Custodio e Franklim.

A época de 1949/50 traz para Guimarães um novo treinador. Janos Biri, um húngaro naturalizado português, com um currilum vitae cheio de êxitos, onde se destacam essencialmente os dois campeonatos nacionais conquistados, como técnico principal, ao serviço do SL Benfica nas temporadas de 1942/43 e 1944/45.

Não foi contudo muito feliz na cidade berço, pois nesta temporada, bem como na seguinte, o Vitoria esteve em iminência de descer à 2ª Divisão. Perdeu no início desta época o capitão da equipa e um dos jogadores mais importantes até então, o médio Curado, que regressou à cidade de Coimbra para representar desta feita a Académica.
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(Janos Biri, o hungaro naturalizado português, treinador do Vitoria)
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(O SL Benfica de 1941/42 com o treinador Janos Biri)
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