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Apesar da idade, decide continuar a jogar futebol, e aceita o convite para regressar à transmontana cidade de Chaves e defender a baliza do Desportivo agora a disputar a 2ª Divisão de Honra. O Chaves tentava o regresso à principal liga portuguesa e escolheu Jesus para ser o seu Guarda-redes principal. De todo modo, Jesus foi titular praticamente durante toda a época com de 1993/94. Mas seria essa a época em Jesus penduraria as suas luvas de Guarda-redes e abraçaria a carreira de treinador de futebol.
O Campeonato não estava decidido, mas o Desportivo de Chaves estava longe dos lugares de subida. Os dirigentes do Desportivo de Chaves decidem demitir o seu técnico Carlos Garcia e desafiam Jesus a assumir o comando técnico da equipa ate encontrar uma solução para o cargo. Contudo, com António Jesus como treinador a equipa flaviense vai melhorando significativamente o seu desempenho, de tal modo que fica sendo o seu técnico até final da temporada. E consegue resultados imediatos. Fruto de uma brilhante evolução o Desportivo de Chaves classifica-se na 3ª posição na Divisão de Honra e ascende assim à primeira Liga portuguesa. Estava encontrado um novo treinador para o futebol português.
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(Desportivo de Chaves em 1993/94)
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(Antonio Jesus já como técnico do Desportivo de Chaves)
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Naturalmente, é António Jesus o escolhido para comandar o Desportivo de Chaves na época 1994/95 na 1ª Liga Nacional. O Chaves é a sensação no início dessa temporada, de tal modo que chega a ser apontado pelos especialistas desportivos como um forte candidato à Europa. No entanto, a equipa flaviense não era assim tão capaz e como tal foi paulatinamente baixando de rendimento. Inacreditavelmente, após uma derrota em Faro, contra o Sporting Farense, por duas bolas a zero, a direcção do Desportivo de Chaves decide demitir o seu treinador substituindo-o pelo técnico Vítor Urbano. Duro golpe, mas António Jesus não desiste e sai de cabeça erguida.
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(Plantel do Desportivo de Chaves em 1994/95 treinado por António Jesus).
Na época seguinte, o Paços Ferreira na Divisão de Honra aposta em António Jesus para seu treinador principal. António Jesus abraça o projecto do clube da capital do móvel, e curiosamente constitui a sua equipa técnica com o adjunto João Costeado, seu companheiro de muitos anos no Vitoria, e José Gomes como preparador físico, actualmente técnico principal de futebol, ex-preparador físico do Benfica e técnico no Paços Ferreira, Desp. Aves e União de Leiria
Na época 1995/96, sua primeira época como treinador do Paços de Ferreira, alcança o 5º lugar no campeonato da 2ª Divisão de Honra, ficando às portas da subida à 1ª Liga. Por esse motivo, os dirigentes pacences renovam a aposta e a confiança em António Jesus como seu treinador para a nova época, contudo os maus resultados ditam a sua demissão a meio da prova. A título de curiosidade refira-se que António Jesus treinou José Mota (actual técnico do Paços de Ferreira) ainda como jogador, e é responsável pelo lançamento de Carlos Carneiro, jogador que anos mais tarde veio a representar o Vitoria.
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(António Jesus como técnico do Paços de Ferreira)
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(António Jesus novamente como técnico do Paços de Ferreira)
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Ainda no decurso da temporada de 1995/96, após deixar o Paços de Ferreira, António Jesus teve pouco tempo na situação de desempregado, aceitando o convite para treinar o Sporting da Covilhã na 2ª Divisão de Honra, com o objectivo quase impossível de evitar a descida de Divisão. O desempenho da formação serrana melhora mas de forma incapaz de evitar a descida à 2ª Divisão B. Apesar desse desiderato, os responsáveis do Sporting da Covilhã apercebem-se das dificuldades da equipa e louvam o trabalho de António Jesus, mantendo-o no cargo de treinador para a temporada seguinte.
As épocas 1997/98 e 1998/99 são passadas como treinador do Sporting da Covilhã, com um plantel de muita gente jovem, mas tendo sempre como objectivo o regresso do clube serrano à 2ª Divisão de Honra. Na primeira época fica as portas da subida, quedando-se pelo 2º lugar da Zona Centro do Campeonato Nacional da 2ª Divisão B, mas na temporada seguinte alcança o 1º lugar naquela zona e sagra-se Campeão Nacional. A época 1998/99 é o ano que marca o primeiro titulo nacional alcançado como técnico. Com tão brilhante resultado é lógica a manutenção da aposta em António Jesus como técnico do Sporting da Covilhã, agora novamente a disputar a 2ª Divisão de Honra. Contudo, os maus resultados acompanham a equipa e em Março de 2000 é despedido do cargo.
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(António Jesus como técnico do Sporting da Covilhã).
Do Sporting da Covilhã seguiu-se o Estarreja e o Sporting de Espinho, até que em 2004 é convidado pelo Prof. Manuel Machado para integrar a sua equipa técnica, como treinador de Guarda-redes, que vai orientar o Vitoria de Guimarães para a temporada 2004/05. O Prof. Manuel Machado é o treinador escolhido pelo recém eleito Presidente do Vitoria - Vítor Magalhães - para comandar a equipa de futebol profissional. É pois, por esta via, que Jesus regressa à cidade onde mais êxitos e certamente melhores recordações tem da sua carreira de jogador de futebol. No final da temporada, apesar do clube alcançar uma classificação que lhe permite o acesso à Uefa, o Prof. Manuel Machado acaba por não continuar à frente da equipa técnica e com a sua saída dá-se também o abandono de António Jesus a Guimarães.
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(Plantel do Vitoria na época de 2004/05 em que António Jesus era treinador adjunto).
(Novamente o plantel do Vitória de 2004/05 com António Jesus a treinador Adjunto).
NA temporada de 2005/06 António Jesus prossegue a sua carreira como treinador principal, mas desta vez assume um clube a militar na 3ª Divisão Nacional, precisamente o Lusitânia dos Açores. Brilhantemente consegue alcançar a subida à 2ª Divisão B com ao leme do clube açoreano. Contudo, pese embora a grande temporada realizada António Jesus não permanece no comando técnico do Lusitânia dos Açores, abandonando as ilhas e regressando ao continente.
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(António Jesus)
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Actualmente é o treinador da equipa principal do Benfica de Castelo Branco que presentemente milita na 3ª Divisão Nacional série D.
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(António Jesus)