Voltaria as competições nacionais de futebol apenas cerca de 20 anos depois, efemeramente, quando na época de 1965/66 disputou o Campeonato Nacional da 3ª Divisão.

A esse escalão voltou apenas na temporada de 1971/72 para aí permanecer, quase ininterruptamente, até ao princípio da década de 80, embora sem conseguir grandes feitos desportivos, limitando-se a garantir a manutenção.
.

No final da época de 1080/81 o FC Alverca é relegado aos campeonatos distritais da Associação de Futebol de Lisboa. Na ponta final da década de 80 inicia-se, poder-se-á dizer, o caminho que o FC Alverca trilhará rumo ao principal escalão do futebol português.
.

Assim, depois de na temporada de 1986/87 ter conseguido ascender novamente aos nacionais, o FC Alverca disputou o Campeonato Nacional da 3ª Divisão na época de 1987/88, classificando-se em 2º lugar na Serie E, atrás do Olivais e Moscavide, alcançando assim, mais de quarenta anos depois, o segundo patamar do futebol nacional.

Com o técnico Romeu Oliveira em grande destaque naquele momento histórico e como protagonista na afirmação do clube na 2ª Divisão Nacional, o FC Alverca permaneceu durante sete temporadas consecutivas naquele escalão.
.

Ate que, na época de 1994/95, o FC Alverca supera mais uma etapa importante na sua história. Vence a Zona Sul da 2ª Divisão Nacional “B”, com o técnico Vitorino Bastos ao leme do clube, após uma luta titânica com os algarvios do Louletano.

A partir da temporada de 1995/96 começa a participar no Campeonato Nacional da 2ª Divisão de Honra. Nesta altura o clube começa também a assumir-se como equipa satélite do SL Benfica, recebendo vários jogadores provenientes da equipa de juniores dos encarnados, alem da equipa técnica liderada por Arnaldo Cunha.
.

O FC Alverca é um regular candidato à manutenção naquele escalão, objectivo que alcança com alguma dificuldade tanto na época de estreia como na temporada seguinte de 1996/97.

Nesta segunda época no Campeonato Nacional da 2ª Divisão de Honra o FC Alverca passou toda a temporada classificado nos últimos lugares da tabela geral, contudo, com a entrada de João Santos para o comando técnico da equipa, conseguiu amealhar os pontos necessários para a manutenção.
.

(Plantel do FC Alverca na época de 1996/97)

.

E assim iniciar-se-á a época história do clube com a subida, finalmente, à 1ª Divisão Nacional. Ainda na sombra do SL Benfica, o FC Alverca, inicialmente considerado como um mero candidato à manutenção, acabou por surpreender tudo e todos.

Com uma equipa recheada de jovens valores, onde se destacam, naturalmente, os médios portugueses Hugo Leal e, posteriormente, Maniche, e os atacantes brasileiros Deco e Caju, o FC Alverca fez uma sensacional campanha na temporada de 1997/98 na 2ª Divisão Nacional de Honra.
.

(Plantel do FC Alverca na época de 1997/98)

.

Com uma regularidade impressionante, mesmo quando os seus melhores jogadores eram solicitados pelo SL Benfica, o FC Alverca manteve-se sempre classificado nos três lugares do pódio ao longo de toda a prova e assim no final, com o 3º lugar alcançado, cumpriu o sonho de subir à 1ª Divisão Nacional.

É, portanto, na época de 1998/99 que o FC Alverca atinge o auge na sua história e disputará pela primeira vez a principal competição portuguesa de futebol. Contudo, essa participação esteve durante algum tempo em causa por força da ligação com o SL Benfica, competidor na mesma prova.
.

(Plantel do FC Alverca na temporada de 1998/99)

.

Alguns clubes colocaram em causa a possibilidade do FC Alverca jogar na 1ª Divisão Nacional em virtude de ser equipa satélite do SL Benfica. O clube ribatejano colocou um ponto final, oficialmente, na parceria com o SL Benfica e conseguir vencer a batalha com as instâncias federativas e acabou mesmo admitido a disputar a principal competição nacional.

Entre os grandes protagonistas cravados na história desta ascensão do FC Alverca no futebol português está, naturalmente, o Presidente Luís Filipe Vieira, actual líder do SL Benfica.

A temporada de estreia do FC Alverca na 1ª Divisão Nacional é uma época muito difícil. Apesar disso, o grande objectivo da manutenção é conseguido, quando na última jornada consegue a salvação ao derrotar, curiosamente, o Vitoria SC.

É também nesta época que o clube ribatejano e o Vitoria SC se encontram pela primeira vez na história em jogos a contar para competições oficiais. O primeiro entre estes dois clubes acontece a 3 de Janeiro de 1999, quando na cidade de Guimarães o Vitoria SC recebeu e venceu por 3-1 o FC Alverca.

De então para cá foram vários os jogos oficiais realizados entre os dois clubes, quer no Campeonato Nacional da 1ª Divisão, onde se encontraram nas diversas temporadas em que o FC Alverca militou no escalão principal, mas também na Taça de Portugal onde foram opositores na época de 2002/03, com o sucesso na eliminatória a sorrir aos vimaranenses.

No jogo da 17ª jornada do Campeonato Nacional da 1ª Divisão da temporada de 1998/99, o Vitoria SC, treinado por Zoran Filipovic, apresentou a seguinte equipa inicial: Pedro Espinha; Quim Berto, Arley, Márcio Theodoro e Tito; Paulo Gomes, Paiva e Vítor Paneira; Evando, Riva e Gilmar.

Na equipa vimaranense jogaram ainda o sueco Fredrik Sordstrom, Edmilson e N´Tsunda que entraram, respectivamente, para os lugares de Paiva, Vítor Paneira e Evando.

Por seu lado, a equipa ribatejana, comandada nesta altura por Mário Wilson, apresentou o seguinte onze inicial: Paulo Santos; Abel Silva, Hugo Costa, José Soares e Valente; Marco Freitas, Maniche e Toze; Rui Borges, Nandinho e Filipe Azevedo.

No FC Alverca jogou ainda o brasileiro Caju, aquele que viria a ser o autor do golo da equipa. De facto, o Vitoria SC marcou primeiro, logo aos 15 minutos, por intermédio do defesa lateral esquerdo Tito.

Já em campo, Caju, aos 54 minutos restabeleceu a igualdade, complicando bastante o jogo à turma da casa. Nos derradeiros momentos do encontro o Vitoria SC conseguiu triunfar por 3-1, marcando dois golos, respectivamente, aos 86 e 88 minutos, por Arley e Quim Berto.

Na época de 1999/00 o FC Alverca vai conseguir atingir a sua melhor classificação de sempre no Campeonato Nacional da 1ª Divisão. Comandado por José Romão, o FC Alverca faz uma brilhante temporada e consegue uma sensacional classificação no 11º lugar da tabela geral.
.

(Plantel do FC Alverca na época de 1999/00)

.

A equipa ribatejana revela-se um dos grandes percalços dos denominados grandes clubes, fazendo todos perderem pontos. No cômputo geral, o FC Alverca realizou uma época bem tranquila conseguindo prematuramente garantir a manutenção.

Seguiu-se a temporada de 2000/01 onde o FC Alverca voltou a garantir com maior ou menor dificuldade a manutenção no principal escalão do futebol português. Esta época fica marcada, porém, pela conquista do primeiro troféu de relevo na história do clube.
.

(Equipa do FC Alverca na temporada de 2000/01)

.

Desde sempre o FC Alverca dedicou muita atenção à formação de jovens futebolistas e frequentemente criou boas equipas juvenis. Na época de 2001/02 esse departamento juvenil do clube conseguiu o maior feito ao sagrar-se campeão nacional na categoria de juniores.

Depois de deixar pelo caminho equipas como o SL Benfica e Sporting CP, tradicionais candidatos ao título, o FC Alverca chegou à fase final de juniores com o FC Porto, o SC Braga e o Vitoria de Setúbal.

Cedendo apenas uma derrota e realizando uma fase final verdadeiramente sensacional, na esteira daquilo que vinha revelando ao longo de todo o ano, o FC Alverca conquistou o Campeonato Nacional da Juniores da temporada de 2001/02.
.

(Equipa de Juniores do FC Alverca na época de 2001/02)

.

(Plantel do FC Alverca na temporada de 2001/02)

.

Voltando ao futebol sénior, dá-se início à época de 2002/03, com a equipa do FC Alverca a ser considerada a formação mais forte dos clubes que lutavam pela manutenção.

Com Jesualdo Ferreira ao leme do clube e com uma mescla de juventude e experiencia, a verdade é que a campanha do FC Alverca não correspondeu minimamente aquilo que se aguardava.

De tal forma assim foi que a equipa ribatejana não conseguiu escapar ao último lugar da tabela classificativa e, como tal, acabou por ser relegada ao segundo escalão do futebol português.
.

(Plantel do FC Alverca na época de 2002/03)

.

(Equipa do FC Alverca na temporada de 2002/03)

.

O clube decidiu então apostar num novo treinador, José Couceiro, e tentar regressar imediatamente ao escalão maior. Repleto de jogadores com longa experiencia no nosso futebol, o FC Alverca logo se apresentou como candidato à subida de divisão.

E tal previsão viria a ser confirmada com a equipa ribatejana a realizar uma temporada sempre nos lugares cimeiros da tabela classificativa e conseguindo, sem grande surpresa, o 2º lugar da Liga de Honra, atingindo o objectivo de regressar à 1ª Divisão Nacional.

Foi, porem, efémero este regresso do FC Alverca ao primeiro escalão do futebol português. Mais que efémero esta presença no Campeonato Nacional da temporada de 2003/04 foi mesmo a ultima participação do clube.
.

(Plantel do FC ALverca na época de 2003/04)

.

Lutou desenfreadamente pela permanência na liga com o CF Belenenses e também, ate certa altura, com o Vitoria SC. Nesta temporada realizou-se o ultimo jogo da história entre o FC Alverca e o Vitoria SC.

Em tal jogo, o Vitoria SC conseguiu um importantíssimo triunfo por 0-1, com um golo apontado por Nuno Assis aos 59 minutos, numa altura em que a equipa vimaranense também lutava pela fuga à despromoção.

.

(Video do golo apontado por Nuno Assis neste encontro frente ao FC Alverca na temporada de 2003/04)
.
O jogo daquela 29ª jornada do Campeonato Nacional da 1ª Divisão da época de 2003/04, realizou-se no dia 24 de Abril de 2004, numa sexta-feira à noite, com a equipa do Vitoria SC acompanhada por uma enorme falange de apoio vinda de Guimarães.

Terá sido uma das maiores deslocações de sempre dos adeptos vitorianos para assistir a jogos do Vitoria SC na condição de visitado, principalmente, para um jogo disputado no sul do pais e numa sexta-feira à noite.
.

(Plantel do FC Alverca na época de 2003/04)

.

A equipa do FC Alverca actuou, inicialmente, com Yannick; Amoreirinha, Marco Almeida, Veríssimo e Nandinho; Diogo, Torrão, Bruno Aguiar e Zé Roberto; Vargas e Alex Afonso. Jogaram ainda Gabriel, Rodolfo Lima e Manu.

Já pela formação do Vitoria SC, comandada por Jorge Jesus, surgiu na equipa inicial: Palatsi; Bessa, Marco, Medeiros e Rogério Matias; Rui Ferreira, Djurdevic, Flávio Meireles e Nuno Assis, Romeu e Carlos Carneiro. Pelos vitorianos jogaram ainda Hugo Cunha, Guga e Rafael.

No final do Campeonato Nacional da 1ª Divisão da temporada de 2003/04, o FC Alverca terminou classificado na 16ª posição, o antepenúltimo lugar da classificação, e dessa forma acabou por ser relegado à Liga de Honra.
.

(Equipa do FC ALverca na temporada de 2003/04)

.

Voltou a disputar o segundo escalão do futebol português tentando regressar novamente à 1ª Divisão Nacional. Contudo, as dificuldades financeiras que a Sociedade Anónima Desportiva do clube enfrentava eram já bem evidentes e foi difícil conseguir uma equipa capaz de lutar pela subida de divisão.

Assim, o FC Alverca terminou em 13º lugar da tabela classificativa da Liga de Honra de 2004/05 e encerrou aqui a sua actividade no futebol profissional. No final desta temporada o clube debatia-se com enormes dificuldades financeiras e não conseguiu assegurar os meios necessários para participar na Liga de Honra da época de 2005/06.

.

(Equipa do FC Alverca na época de 2004/05)

.

Problemas relacionadas com dívidas ao Fisco e à Segurança Social, bem como a antigos atletas e treinadores impediam a inscrição do clube na competição e, consequentemente, foi extinto o futebol profissional no FC Alverca.

O FC Alverca ficou apenas com o futebol juvenil. O futebol sénior só voltou a existir no FC Alverca na temporada de 2006/07, depois de uma época de interregno, mas agora militando os escalões distritais da Associação de Futebol de Lisboa.

.

(Equipa de Juniores do FC Alverca na temporada de 2007/08)

.